2. Pemberontakan Darul Islam/Tentara Islam Indonesia (DI/TII)
Dipimpin Sekarmaji Marijan Kartosuwiryo, ditandai dengan didirikannya Negara Islam Indonesia (NII) oleh Kartosuwiryo pada tanggal 7 Agustus 1949.
Bertujuan mengganti Pancasila sebagai dasar negara dengan syari’at Islam. Namun, gerakannya bertentangan dengan ajaran Islam sebenarnya. Kartosuwiryo bersama para pengikutnya bisa ditangkap pada 4 Juni 1962.
3. Pemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS)
Dipimpin oleh Christian Robert Steven Soumokil, bertujuan membentuk negara sendiri, yang didirikan tanggal 25 April 1950. Pulau-pulau terbesarnya adalah Seram, Ambon, dan Buru. RMS di Ambon dikalahkan oleh militer Indonesia pada bulan November 1950.
4. Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia (PRRI) atau Perjuangan Rakyat Semesta (Permesta)
Dipimpin oleh Sjarifuddin Prawiranegara dan Ventje Sumual (1957-1958) di Sumatra dan Sulawesi. Gerakan ini merupakan bentuk koreksi untuk pemerintahan pusat pada waktu itu yang dipimpin oleh Presiden Soekarno.
5. APRA (Angkatan Perang Ratu Adil)
Melakukan pemberontakan pada tanggal 23 Januari 1950, dengan melakukan serangan dan menduduki kota Bandung, serta menguasai markas Staf Divisi Siliwangi. Westerling merencanakan untuk menyerang Jakarta, tetapi usahanya dapat digagalkan.