Fakultas Ushuluddin: Perbandingaķn Agama, Akidah dan Filsafat Islam, Ilmu al-Quran dan Tafsir
Fakultas Tarbiyah: Pendidikan Agama Islam, Pendidikan Bahasa Arab
Fakultas Syariah: Perbandingan Madzhab dan Hukum, Hukum Ekonomi Islam
Fakultas Ekonomi dan Manajemen: Ekonomi Islam, Manajemen Bisnis
Fakultas Humaniora: Hubungan Internasional, Ilmu Komunikasi
Baca Juga: Situs Gontor Tidak Bisa Diakses, gontor.ac.id is Under Construction
Fakultas Ilmu Kesehatan: Farmasi, Ilmu Gizi, Keselamatan dan Kesehatan Kerja
Fakultas Sains dan Teknologi: Teknik Informatika, Agroteknologi, Teknologi Industri Pertanian
Ada yang menarik dari sejarah berdirinya Pondok Gontor yang saat ini sudah memiliki 7 kampus dan sudah meluluskan banyak santri berkualitas dari pondok berkonsep modern ini.
Situs initu.id mengutip website resmi Gontor, tentang sejarah berdirinya pondok ini tidak lepas dari kuliah tujuh menit saat subuh, berikut kutipannya.